依全民健康保險法施行細則第58條規定略以，重複繳納之保險費，投保單位或被保險人得於發生重複繳納保險費之日起五年內向保險人申請退還，逾期不予受理。
一、第六類保險對象部分：
(一)因追溯轉出而溢繳保險費：
1.衛生福利部健康保險署各分區業務組於每月切檔沖抵完欠費後，會主動匯入已有約定轉帳繳納健保費之帳戶中，或開立支票退費。
2.如為依附之眷屬追溯轉出(本人繼續加保)，則於以後月份逐月沖退保費。
3.如該被保險人追溯轉出尚欠繳其他月份保險費(滯納金)，則會先行抵繳欠費，如有剩餘退費金額，將主動匯入已有約定轉帳繳納健保費之帳戶中，或以支票退還；若抵繳後仍有剩餘欠費，將開立繳款單促請持單繳納。請檢附收據影本，由投保公所先行受理再彙送衛生福利部健康保險署分區業務組，或逕寄衛生福利部健康保險署署分區業務組辦理退費事宜。
(二)無職業之榮民其投保身分誤鍵為地區人口而誤繳保險費：
請檢附證明文件至原投保之鄉(鎮、市、區)公所更正投保身分，退費事宜同上。
二、第二、三類保險對象部分：
第二、三類保險對象之退費(即在職業工會或農漁會加保之保險對象)，須俟本署計費程式產生待沖退金額，沖抵完以前月份欠費後，如仍有餘額，再由分區業務組主動匯入投保單位申請退費之帳戶中，或開立支票退還投保單位，保險對象請向投保單位申請退還自付部分之保險費。